凡物之评断力，均随其思想为定，无所谓绝对的。一己之学说，不得束缚他人；而他人之学说，亦不束缚自己。诚如是，则科学、社会等等，均将任吾人自由讨论矣。
——蔡元培 教育家、革命家、政治家，曾任北京大学校长
黑暗中的曙光
◎天主教哲学教父
奥古斯丁的哲学是建立在之前主教们打下的基础之上的，之后欧洲便陷入了混乱，人们一边忍受着深刻的苦难，一边期盼着美好的来世。在将近五百年中，基本上没有出过伟大的哲学家，因此，奥古斯丁也被称为中世纪教父哲学的最伟大代表。
奥古斯丁是非洲人，生于公元354年。幼年时，他在母亲的教育下学会了拉丁语，但在学校学习希腊语的过程中，他却饱受学校的残酷惩罚，因而他很讨厌希腊语。青春期以后，奥古斯丁为情所困。16岁的他在迦太基与一位妇女相爱，并且生下了一个男孩。这时，他的母亲开始考虑他的婚事。不过后来，他又与一位少女订了婚，并和以前的情人断绝了联系。可是她的未婚妻太年幼了，要等两年之后才能举行婚礼，于是，他耐不住寂寞，又有了一个情人……
奥古斯丁的良心却越发不安了，在举行婚礼前，他终于决定信仰宗教，终生不婚。19岁时，奥古斯丁在西塞罗著作的引导下再次研究哲学。他阅读了大量拉丁文哲学著作，独立研究通了亚里士多德的《范畴篇》。就在这时，他信奉了摩尼教，同时也醉心于占星术。他认为，神是巨大的物体，他本身则是其中的一部分。
紧接着，奥古斯丁去了罗马。尽管他依然保持和摩尼教徒的交往，但他却开始怀疑教义的正确性了。他同意摩尼教“我们犯罪，是因为某种我们不知道是什么的天性使我们犯罪”的看法，但也认为学院派主张怀疑一切是对的。与此同时，他还开始相信恶魔具有实体。
青年时的奥古斯丁富于热情，放荡不羁，但内心总有一种促使他追寻真理与正义的冲动。他的名著《忏悔录》中记载了这样一件事。有一次，奥古斯丁和同伴偷摘了邻居的梨，他一直为这件事耿耿于怀，认为这是一种令人难以置信的邪恶。因为当时他并不饥饿，而且他自己有更好的梨。他认为，他之所以偷邻居的梨，是出于自己对邪恶本身的爱好。这使得这件事的本身变得更邪恶。
在现代人看来，这种“思想纠缠”简直是一种病态，但在奥古斯丁生活的那个时代却是正确的。
后来，奥古斯丁放弃了教会职务，来到米兰担任修辞学教师。这时，他遇到了安布罗斯，逐渐被安布罗斯的慈祥感动，并喜欢上了天主教。但由于从学院派学到的怀疑主义的作怪，他并没有立即投入到天主教的怀抱。最后，还是在母亲的帮助下，奥古斯丁决定改信天主教，并接受了洗礼。
晚年时，奥古斯丁担任了希波的主教，之后一直居住在那里。他被自己的罪恶意识纠缠，生活因此变得很严肃，哲学思想也变得缺少人情味。不过他的神学思想与他的生平一样，多彩多姿，深刻地影响了西方罗马教会。
◎忏悔录（节选）
天主，请你俯身听我说。人们的罪恶真是可恨！一个人说了这样的话，你就怜悯他，因为是你创造了他，但却没有创造他身上的罪恶。
谁能告诉我我幼年时期犯下的罪恶？因为在你面前没有一个人是纯洁无罪的，即使是刚出世一天的婴孩也是如此。谁能对我追述我的往事？不是任何一个小孩都可以吗？从他们身上，我能够看到我已经无法记起的自己。
但这时我犯的是什么罪呢？是否因为我哭着要吃奶？假使我现在如此迫不及待地，不是吃奶而是取食与我的年龄相适合的食物，一定会被人嘲笑，理应受到指责。由此可见，我当时做了应受到指责的事情，但那时的我不可能懂得别人的指责，根据情理我也不应受到这样苛刻的指责，何况我们长大以后就完全弃除了这些状态，我也从未看到过某个人不分好坏而一股脑儿铲除的。但假如我哭着要有害的东西，对不顺从我的有害要求的行动自由的大人们、对我的父母以及一些谨慎的人，我发怒，要打他们、损害他们，对他们不屈从我的意志而加以责罚，这种种行动，在当时能看成是好事吗？
可见婴孩的纯洁仅仅是肢体的稚弱，而并非本心的无辜。我见过也体会过孩子的嫉妒：尚且不会说话，就已经会面色像死灰，眼光狠狠地盯着跟他一起吃奶的孩子。谁没见到过这种情况？母亲和乳母自称能用某种方法来加以补救。不让一个特别需要生命食粮的兄弟靠近丰满的乳房，这是无罪的吗？但人们对此都能迁就容忍，并非因为这是小事或不以为然，而是因为这一切将随年龄的增长而消失。这是唯一的理由，因为若是在岁数较大的孩子身上发生相同的情况，人们是绝不会视而不见的。
主，我的天主，你赋予婴孩生命和肉体，正像我们所见到的，你使肉体具有器官、四肢、漂亮的外貌，同时又赐予生命的全部力量，使他们保持全身的和谐。你命令我在这一切之中讴歌你，赞美你，歌颂你至高无上的圣名。因为你是全能的、至善至美的天主，即使你只是创造了这一缘由，也没有一个人能够和你相提并论：你是万物唯一的真正的本源，化育万物的至善至美者，你的法则主宰一切。
主啊，对于这一时期的生活我已想不起，只能倾听别人的话，并从其他孩子身上较为可靠地猜测这一时期的生活。把它列入我生命史的一部分，使我感到很惭愧。这个时期和我在胚胎中的生活一样，都已被遗忘在幽隐的黑暗之中。我是在罪孽中长成的，我在胚胎中就已经犯了罪。我的天主啊，何时何地你的仆人才算是无罪的呢？现在让我抛开这段时期吧；既然我已记不得任何踪影，那我和它还有什么关系呢？
是否我告别了幼年时代而进入到童年时代，或者是童年来到我的身上而代替了幼年？但前者并没有远逝，它能到何处去呢？但是它已经不存在了。我已经不再是一个不会说话的婴儿，而是成了一个咿呀学语的孩子了。根据我所能记忆的，从此以后，我开始学说话了，这也是我后来注意到的。并不是大人们按照一定的程序教我学习语言，就跟后来读书一样；是我自己，凭借你，我的天主赐给我的智慧，用呻吟、用各种声音、用肢体的各种动作，试图表达出我内心的思想，使之服从我的意志；但不可能表达出我所要表达的一切，使人人理解我的全部心情。
一段被遗忘的时代
中世纪时期，教会内部发生了一场有关“道成肉身”的纷争，主角是亚历山大大主教区利罗和君士坦丁堡大主教聂斯脱利。这场纷争的结果是区利罗被尊为圣徒，而聂斯脱利却被斥为异端。
区利罗是个狂热分子，拥护神人一体论，身为大主教的他曾数次煽起屠杀犹太人的运动。区利罗之所以有很大的名声，主要是因为他曾对一位名叫希帕提娅的贵妇人施加私刑，而希帕提娅犯的罪过，仅仅是醉心于新柏拉图哲学和研究数学。
聂斯脱利认为，在基督里有人位和神位，因此，他反对称童贞少女为“神的母亲”。他认为童贞少女只是基督的人位母亲，而基督的神位（上帝）没有母亲。
大体说来，苏伊士河以东的教会赞同聂斯脱利的主张，苏伊士河以西的教会赞同区利罗的主张。双方决定，在公元431年召开以弗所宗教会议解决分歧。然而，率先到会场的西方主教们反锁了大门，将东方的主教们堵在门外。随后，在区利罗的主持下，他们快速通过了拥护区利罗的决议。
这就是聂斯脱利被斥为异端的过程。不过聂斯脱利不但没有放弃自己的主张，反而形成了在叙利亚和整个东方声势很大的聂斯脱利教派。
在整个中世纪，波伊提乌受到了人们的传诵和赞扬。
波伊提乌是古罗马晚期的政治家、哲学家，曾在东哥特王国任执政官。在哲学上，他糅合了基督教神学、柏拉图主义、新柏拉图主义、亚里士多德等哲学学说，引起后来经院哲学唯名论和实在论的争论，因用拉丁文注释翻译亚里士多德的《范畴篇》等著作，对中世纪的逻辑学影响很大。
他在狱中写就的著作《哲学的慰藉》是一部纯柏拉图主义的书。虽然《哲学的慰藉》一书不能证明他是不是基督徒，但却能证明他受到异教哲学的影响远比基督教神学的大。
波伊提乌声称只有苏格拉底、柏拉图和亚里士多德才是真正的哲学家，他还坚持说自己追随上帝是听从了毕达哥拉斯的命令。在伦理观念方面，波伊提乌有很多与斯多亚派吻合的地方。波伊提乌认为不完善就是缺陷，这也代表着存在一种完善的原形。
《哲学的慰藉》中，丝毫没有迷信和病态的迹象，也没有过分强求遥不可及的事物的倾向，书里呈现的是一种只有纯哲学才有的宁静。这种宁静出自被判死刑的波伊提乌之手是令人赞叹的。
尽管东哥特国王狄奥多理克处死了波伊提乌，但他们始终是朋友。波伊提乌曾经受命为狄奥多理克改革币制，加上他渊博的学识和对公益的热忱，他足以成为当时绝无仅有的人物，即使在其他任何一个时代，他都称得上是一个伟大的人物。
修道运动
修道运动发源于大约4世纪初叶的埃及和叙利亚。所谓修道运动，又分为独居隐士的修道和住修道院僧侣的修道两种形式。公元250年，埃及诞生了第一位名叫安东尼的隐士，他在一间茅屋独居了15年后，又在荒漠里独居了20年，从此声名远扬。
大约在公元305年，安东尼开始出世讲道。公元320年前后，埃及人帕科缪创办了一所修道院。在这个修道院修道的人过着集体生活，集体进行宗教仪式，最终赢得了基督教的认可。与此同时，叙利亚和美索不达米亚也出现了修道院。
最初，修道院完全独立于教会组织之外，是一项自发运动。后来，阿萨纳修斯结合了修道院和教士，还确立了修道僧兼任祭司的规矩。紧接着，他又把修道运动带到西欧。为了促进这项运动，杰罗姆做了大量的工作，而奥古斯丁则把它传到了非洲。
在修道僧还没有被教会组织接受时，教会因他们而闹起了宗教纠纷。这主要是因为不能区分哪个是真诚的苦行僧，哪个是贪图修道院舒适的生活才做了修道僧的。还有一个原因，即修道僧往往以狂烈的方式支持他喜爱的主教，这往往使宗教会议陷入异端。
在修道运动早期的遁世修行阶层，除了宗教指定的书籍之外，修道僧再也不会多读一本书。除此之外，他们对待道德的态度还是消极的，把道德当做避免犯罪的方法。不过，在以后的日子里，修道僧倒是做了不少有意义的事情。
在西方修道僧制度中，最重要的人物是本尼狄克教团的缔造者本尼狄克。
本尼狄克从20岁起就在一个洞里住了三年。他的蒙特·卡西诺修道院创立于公元530年，为了更好地管理蒙特·卡西诺修道院，他又制定了适合西欧风土的“本尼狄克教规”。当时，有这样一个不值得提倡的规定：越能极端地苦行的人，就越有可能被认为是神圣的人。本尼狄克改变了这个规定，并进一步规定：必须经过修道院院长许可，才能实行超过教规以外的苦行。
按照“本尼狄克教规”的规定，修道院院长是终身任职的，而且权力极大，在教规和正统教义允许的范围内，他可以用任何方法管理修道僧，而修道僧不能任意转投修道院。
任何组织一旦创立就很难以缔造者的意志为转移，因为它们已经具有了自己的生命，天主教会就是最明显的一个例子，而本尼狄克教团的发展历程也体现了这一点。可是，就像耶稣会为天主教会而大感吃惊一样，本尼狄克教团也会让本尼狄克本人大感吃惊。不过，从学术的发展方面看，这对于本尼狄克教团而言这也并非坏事。
教皇国的真正建立者
以“格列高利”为名的第一代教皇就是大格列高利。大约是在公元540年，大格列高利出生在罗马的一个贵族之家，因此他接受了当时最好的教育。公元573年，他当上了罗马市市长，但很快他就离开了政界。这以后，他耗尽了自己所有的家产用于建造修道院和救济贫民，而他自己也专心苦行，成了一名虔诚的本尼狄克派教士。
再后来，教皇贝拉二世任命大格列高利为他驻东罗马帝国的全权公使，常驻君士坦丁堡。因此，从公元579年至公元585年，大格列高利一面在东罗马帝国代表着罗马教廷，一面与东罗马帝国的教徒们辩论。在宗教方面，大格列高利取得了成功，避免了东罗马帝国的皇帝远离真实的信仰。但在政治方面他却失败了，因为他没能说服东罗马帝国皇帝向伦巴德人开战。
之后的五年，大格列高利当了自己创立的修道院的院长。教皇逝世后，大格列高利做了教皇。大格列高利刚当教皇时周围的环境很艰难，不过，这样的环境正适合他大展身手。
当时，拜占庭帝国已经衰败了，没有领主的西班牙和非洲陷入了一片混乱之中，伦巴德人趁机洗劫意大利，法兰西也处在南北之间的内战之中，等等。时代的混乱甚至使一大批主教失去了作为人们楷模的荣耀。虽然罗马主教被公认为是教廷中地位最高的人物，但他的权力仅限于主管教区之内。继任教皇以后，大格列高利就做好了用全部的精力和智力同困难搏斗的准备。大格列高利主要通过通信的方法行使他的权威。他通信的对象，包括全体罗马世界中的主教和世俗国家的统治者。
大格列高利还编著了一部教规，含有对主教们的劝告，影响了整个中世纪初期。为了让主教们愿意接受这部法规，他把它定义为“主教们的职务指南”。这部法规满篇都是对主教的忠告，包括劝告他们不要玩忽职守，等等。
此外，在谈到主教与世俗国家的统治者的关系时，法规告诫主教们说，不要批评世俗国家的统治者，因为如果他们不听从教会的意见，那么他们自然会受到地狱劫火的威胁。
总体来说，大格列高利写的信既彰显了他独特的性格，又不乏趣味。如果不是给皇帝或拜占庭宫廷的贵妇人写信，那么他在信件里的口吻就像一个教会学校的校长，既有称赞，也有训斥。总之，他总是能毫不犹豫地利用权限发号施令。尽管他是出于职责的需要而用特殊的语气命令他人，但这一切的本能根源却是他身为罗马贵族的自负。
大格列高利有着极其敏锐的政治直觉，在他任教皇期间，极大提高了罗马教皇的地位和职权。
物质也具有思考能力
经院哲学家约翰·司各特是中世纪后期唯名论的代表之一，他是一个新柏拉图主义者，主张泛神论，倾向于斐拉鸠斯教派。他早年就读于牛津大学，深受数学、经验科学和反托马斯主义运动的影响，主要研究神学与哲学。
作为神学家，司各特并不否认宗教信仰，但他认为理性应在信仰之上，并力求使哲学独立于神学，宣称上帝并不是形而上学的主题。同时他还指出理性是有局限的，认为人们既不能通过证明承认上帝存在，也不能利用理智把握上帝的属性，只有借助个人的沉思才能直接认识上帝。
在伦理观方面，司各特主张个人是行动和道德的主体，人应该根据自己的意志去追求幸福。他的这些思想肯定了个人的独立意志，这在当时具有一定的解放思想的作用。
在唯名论与实在论的斗争中，司各特坚持唯名论的概念论观点，他认为一般不能在人的理智之外独立存在，它只是同类事物之间的共同性。司各特采纳了亚里士多德关于形式和质料学说的基本思想，不过他反对抬高形式贬低质料。他指出质料即物质，具有独立的实在性，形式的作用在于让物质具有个性，只有它与物质结合才能构成独立的实体。
在司各特看来，人固然不能通过理性认识上帝，但可以凭借自己的天赋和能力获取知识。他认为，认识起源于人的感官对单纯物体的表象，人以这些简单的、混乱的感官表象为诱因，然后凭着理智能力，形成对根本原理的认识。理智若不从感官方面获得主题，就不可能对命题的主题有任何认识。他还猜测物质具有思考能力，认为灵魂中可能有物质。司各特的这种观点是对宗教神学唯心主义认识论的否定。
司各特的哲学思想在历史上产生了很大影响。晚年在巴黎和科伦讲学的他，从经院哲学内部公开批判托马斯·阿奎那，削弱了封建神学和托马斯·阿奎那学说的权威，加速了经院哲学的衰落。然而，正是这样一个离正统教义很远的人，却躲过了宗教迫害，最后逝世于科伦。
司各特著有《巴黎论著》和《牛津论著》等著作，其具有唯物主义倾向的认识论思想，成为17世纪英国唯物主义经验论的思想来源之一。
修道僧的信仰
◎信仰寻求理解
一般认为，除了教皇赛尔维斯特二世之外，10世纪的西方没有哲学家。但伴随着11世纪的到来，在哲学上真正杰出的人物开始逐渐现身了。这其中最具代表性的人物有罗塞林、安瑟伦等人。他们有一个共同的身份，即都是支持教会改革运动的修道僧。
安瑟伦是意大利人，基督教经院哲学家、神学家，实在论主要代表。26岁进入本笃修会的他，先后任了法国柏克隐修院副院长、院长和英国坎特伯雷大主教。在他担任大主教期间，曾因主教续任权与英王发生争执，两次被驱逐出境。
和奥古斯丁一样，安瑟伦也认为信仰高于理性，理性应该从属于信仰，认为如果没有信仰，就不能理解一切。为此，他提出“我信是为了理解”和“信仰寻求理解”的口号，但同时他又认为，如果仅有信仰而不诉诸理性，则近乎玩忽。
在《独白》中，安瑟伦运用因果律，从事物有不同程度的完善，推论出必有一个最完美者，即神的存在。之后，他又在《宣讲》中提出了哲学史上著名的关于神存在的“本体论论证”，从而一举成名。
安瑟伦声称任何人都有一个关于神的概念，即神是一个“不可设想有更大的最伟大者”；但如果它仅仅存在于人们的想象中，那么人还可以设想一个更伟大者，这是相互矛盾的。因此这个“不可设想有更大的最完美者”不仅存在于人们的想象中，也必须存在于现实中。
安瑟伦的这种观点，为上帝和教会高于一切作了哲学论证，但遭到了托马斯·阿奎那的驳斥。尽管后来得到笛卡儿、莱布尼茨、黑格尔等的肯定和修改，但被洛克、康德等摈弃。
在《神何以成人》一书中，安瑟伦提出世人因犯罪而冒犯神的尊严的观点，他说，神为维护其尊严与统治，坚持有罪必罚的“公义”，要求对世人施以刑罚，不然必有适当的补偿以满足神的要求。基督是神之子，以无罪之身代人受死，这就满足了神的“公义”。后世称这为救赎论的满足说或补偿说。
究其源头，安瑟伦哲学观点主要来自奥古斯丁的哲学学说，因为安瑟伦身上具有许多柏拉图的因素，都是从奥古斯丁那里获得的。
正是由于奥古斯丁的思想和柏拉图主义之间的这种承袭关系，人们往往称奥古斯丁主义为“教父的柏拉图主义”或“柏拉图—奥古斯丁主义”，而安瑟伦则是这一传统在中世纪经院哲学中的中坚人物，也便有了“最后一位教父”和“第一位经院哲学家”之称。
◎上帝存在论（节选）
神是的的确确存在着的，即使顽固的人在心里认为没有神。
请将理解的力量赐予信心的主，期望你照耀着你所认为有益的，使我理解你的确像我们所坚信的那样存在着，且的确是我们坚信的神。我们坚信，你是人们所能想象到的最伟大的存在。难道这样的存在是虚假的吗？只因为那些愚昧顽固的人心中认为没有神？可是，不管怎样，即使是愚昧顽固的人，当他听到我提及的那一位——人们所能想象到的最伟大的存在——的时候，也一定会理解他所听到的，而他所理解的，原本就在他的悟性范围之内，即使他并不清楚这存在的的确确地存在着。
那是因为，一个事物在悟性范围之内存在着，与理解那事物的的确确存在，是不同的。比如，当画家想象着自己即将要创作的画，他已经在悟性范围之内掌握它了，但是他本人并不认为它是存在的，因为他还没有将它创作出来。而当他将这幅画作完成以后，他不仅仅是在悟性范围之内掌握它，还明确它是存在着的，因为他已经把它创作出来了。
……
因此，那位在人们所能想象到的最伟大的存在，如果真的只在悟性范围之内存在，那么在人们所能想到的最伟大的存在之外，我们很可能会想象到比之更伟大的存在了。可是，这是不可能的。所以，毋庸置疑的，有一位人们所能想象到的最伟大的存在，真实地存在着，不仅在主观悟性范围之内存在，在客观实体上也存在着。
不能认为神不存在，在一切可能的想象中，神是最伟大的；被视为不存在的神，就不是神。神确确实实就这样存在着，以至于我们不能忽略它的存在。因为想象一个存在的存在是可能的，而这种观点比想象一个不存在着的存在大得多……所以，一定有一位在一切可能想象之中最伟大的存在，人们不可能想象不到它。
神啊，你就是这存在……
然而，愚昧顽固的人如何在心里说他想象不到的事，抑或如何想象他心里不能说的事呢？因为心里说的和想象到的不是同一个事物？
……
所以，但凡知道神是什么的人，即使他有意识或无意识地在心里说出“神不存在”的话，也想象不到神是不存在的。因为神是在一切可能想象之中的最伟大的存在，同时，能彻底了悟这个事实的人，一定能理解这种存在是如此的真实，以至于神不能被想象为不存在。
感恩我仁慈的主，我感谢你。只因我曾受过你的恩惠，并现在仍受到你的启发而相信理解你。即使我不想相信你是存在的，但我也决不能否定你的的确确存在的这个事实。
伊斯兰文化及其哲学
◎百科全书式的哲学家
伊斯兰教纪元开始于公元622年。十多年后，阿拉伯人开始了征服世界之旅。公元732年，伊斯兰教徒在图尔战役中战败，于是针对西方的部分扩张战争就此停止。伊斯兰教徒遵奉《古兰经》的教导。
阿拉伯帝国是一个君主制国家，成为统治者的哈里发，必须要继承穆罕默德许多圣洁品质才可以。
公元661年，穆罕默德的女婿阿利逝世之后，伊斯兰教徒分成逊尼和什叶两派。
后来，倭马亚王朝倒台了，接替者是代表波斯利益的阿拔斯王朝，但是阿拔斯王朝并没有统治整个帝国，因为有一股倭马亚王朝的力量在逃到西班牙以后，又统治了那里。从此，西班牙独立于伊斯兰教世界了。
第一个用阿拉伯文写哲学的人是金迪，被后人尊为“阿拉伯哲学家”。他精通医学、逻辑学、音乐、几何、数学等学科，翻译了普罗提诺的著作《九章集》的一部分，但这给阿拉伯人认识亚里士多德带来了混乱，数百年之后，阿拉伯哲学界才克服了这种混乱。
一般而言，阿拉伯哲学家都是百科全书式的，只要是可以被称为哲学的学问，他们都感兴趣。
◎伊斯兰教哲学的集大成者
伊本·路西德，拉丁名为阿威罗伊，出生在西班牙科尔多瓦的一个审判官之家，因此，他也先后在塞维利亚和科尔多瓦做过审判官。最初，伊本·路西德只对神学和法律感兴趣，后来才开始研究医学、数学和哲学。他名声很大，以至于人们相信他完全有能力分析亚里士多德的著作，把他称为“亚里士多德著作最权威的诠释家”。
1184年，伊本·路西德做了叶尔孤白·优素福的宫廷御医，两年后，叶尔孤白·优素福就去世了。叶尔孤白·曼苏尔继任哈里发之后，对伊本·路西德信任如故，但由于正统教派的反对，伊本·路西德后来被革职，先后流放到科尔多瓦附近和摩洛哥。
这还不算完，后来又有人控告伊本·路西德“以牺牲真正的信仰为代价从事古代哲学的研究”。于是，叶尔孤白·曼苏尔下令烧毁了所有涉及逻辑和形而上学的书籍。不久以后，伊本·路西德就逝世了，至此，西班牙境内的伊斯兰教哲学也宣告结束。
伊本·路西德在生前曾致力于改变阿拉伯人对亚里士多德的理解。他崇敬亚里士多德就像崇敬一位宗教创始者那样。他还认为，可以借助独立于启示的理性证明上帝的存在。他的这一主张影响了托马斯·阿奎那，后者在很大程度上继承了他的主张。
伊本·路西德崇敬亚里士多德，也曾经紧紧地依附于亚里士多德，在提出“灵魂不死”的主张时就是如此。他认为，灵魂不死是因为智性不死。不过，这并不能保证灵魂不死，因为表现于不同的个人之间的知性其实是同一的。这也遭到了基督教哲学家的反驳。
像大多数后期的伊斯兰教哲学家一样，虽然伊本·路西德是伊斯兰教徒，但却不是严格的正统教派。在当时也流行过一个纯正统教派的神学家组织，这个组织认为，哲学对信仰不利，因此反对一切哲学。
这个组织中间的一个名叫阿勒嘎则勒的人写过一本书，书名就叫《哲学家的毁灭》。伊本·路西德对此作出了回应，写了一本名为《毁灭论的毁灭》一书，有力地抨击了阿勒嘎则勒。
从哲学发展的角度来讲，伊本·路西德是伊斯兰教哲学的集大成者，也是基督教哲学的一个开端。13世纪时期，米凯尔·司各特将他的著作翻译成了拉丁文，在欧洲产生了极大的影响。
当时，不仅是经院哲学家受到了他的影响，就连许多主张灵魂不死的非专业自由思想家也受到了他的影响而被称为“伊本·路西德主义者”。起初，弗朗西斯教团和巴黎大学的职业哲学家是最仰慕他的人。
作为独创性思想，阿拉伯哲学并没有多重要，因为它仅在数学和化学领域有些独创性，况且在化学领域的独创性还是在研究炼金术时偶然得到的。不过，伊斯兰教文明对哲学的发展还是有一定促进作用的，在文明鼎盛时期，它在美术和技术领域的成就斐然，只是在哲学理论领域缺少了几分独立思辨的能力。
所以，如果把阿拉伯哲学视为一个文明的传播者，那么它的重要性毋庸置疑。在伊斯兰教徒的刺激下，西欧摆脱了野蛮状态，而且还产生了一种超过传播者自己创造的新思想的思想，这就是经院哲学。
教父般的权威
◎顺时而革新
托马斯·阿奎那是自然神学最早的提倡者之一，也是托马斯哲学学派的创立者，被公认为中世纪经院哲学最伟大的代表。既是哲学家又是神学家的他，把理性引进神学，用“自然法则”来论证“君权神圣”说，从而成为天主教长期以来研究哲学的重要根据。
在那个时代，如果天主教信徒想学习哲学，就必须认可托马斯。在他们的心目中，托马斯具有教父般的权威，因为在大多数场合下，他都紧密地追随着亚里士多德。对于亚里士多德哲学，托马斯掌握的知识足够充分。他还促使教会相信，与柏拉图体系相比，亚里士多德体系更适合作为基督教哲学的基础。
托马斯的体系在当时所有教授哲学的天主教机构里，被认为是唯一正确的体系。天主教教会认为他是历史上最伟大的神学家，将其评为33位教会圣师之一。他死后还被封为天使博士（天使圣师）或全能博士。
托马斯的父亲——阿奎那伯爵，当时居住在那不勒斯王国，托马斯的童年也是在那里度过的，后来，他在腓特烈二世创办的那不勒斯大学读了六年书。期间，他出乎意料地加入了多明我会，该会和方济会共同对欧洲中世纪早期建立的神职阶层发起了革命性的挑战。
阿奎那的这一转变令其家族感到不悦。在去罗马的路途中，阿奎那被他的几个兄弟逮住，押送回圣齐奥瓦尼城堡。他的家人为迫使他放弃入教志向，将他监禁了一两年。根据最早有关阿奎那的传记的记载，他的家人甚至安排娼妓去诱惑他，但他不为所动。在教皇诺森四世的干预下，最后其家人还是妥协了。17岁时，托马斯·阿奎那终于穿上了多明我会会服。
阿奎那的师长看出他在神学上天赋异禀，于1244年便送他去科隆的多明我神学院深造，拜入大阿尔伯特门下学习哲学和神学。一年后，他又跟随大阿尔伯特去巴黎大学学习了三年。在这段期间阿奎那也卷入了大学与天主教修士之间有关教学自由的纠纷，他主动抵制大学提供的演讲和小册子。当教皇知晓这起争议时，多明我会挑选了阿奎那作为辩护者。阿奎那在辩论中大获全胜，接着取得了神学的学士学位。
1248年，阿奎那返回了科隆，担任一名讲师，这一年也是他著述和公务生涯的开端。与诸多著名哲学家的共事经历，对阿奎那后来的发展产生了重要影响，将他造就成睿智的学者，并终身研究亚里士多德的哲学方法论。就连他的著作也广泛运用了亚里士多德的哲学范畴和逻辑方法，如其所撰写的最知名著作《神学大全》和《反异教大全》。
◎上帝是完美的
与亚里士多德的哲学相比，托马斯·阿奎那的哲学，虽与其一致，但有一定的独创性，这表现在他为了让亚里士多德的哲学更适应基督教教义而略微做了些改动。他不仅熟知亚里士多德的观点，还对其有深刻的理解。在这一点上，至少在他之前的天主教哲学家都做不到。
托马斯相信神学，并主张君权神授，即君权来自神权，国王的权力是由上帝通过教会授予的，教权高于王权。他认为上帝的存在并非可以不证自明的，但却也不是无法证明的。他认为证明上帝的最好方法，便是先排除那些不可能是上帝的东西，这个方法又常被称为否定神学。
在《神学大全》中，他提出了证明上帝存在的五个证据，这个理论又常被称为“五个证明的方法”：
上帝是简单的，并没有各种组成的部位，例如身体或灵魂或者物质和形式。
上帝是完美的、毫无破绽的。亦即，上帝与其他事物的差异便在于完美无瑕这个特征上。
上帝是无限的，即上帝并没有如其他事物一般有着实体上的、智能上的或情绪上的限制。但这个无限与体积或数量上的无限并不相同。
上帝是永远不变的，上帝的本质和特征是无法改变的。
上帝是一致的，上帝自己并没有多样的特征存在。上帝的一致性本质就如同上帝的存在一般。
在《神学大全》里，托马斯还讨论到了耶稣基督，他首先讲述了《圣经》里亚当和夏娃的故事，并且描述人类原罪的负面结果。他提出耶稣基督化身的目的是恢复人类的本质，协助人类移除他们身上“原罪的污染”。“神圣的智慧认为上帝应该化身为人，以这个单一而相同的化身改变人们并且提供救赎”。
同时，他还批评了当时许多对耶稣基督抱持不同观点的历史神学家。他指出耶稣是真的出自神授的，而不只是一个凡人。一个异教者认为上帝只不过是寄居了耶稣的肉身，托马斯则回复道上帝的完整乃是耶稣的存在所不可或缺的一部分。
不过，托马斯也曾主张耶稣具有一个真正的（理性的）人类灵魂。这个说法使得耶稣有了双重的本质，也使托马斯与阿利乌的理论产生矛盾。他还认为这两个本质是同时存在的，但在同一个人类躯体里却是可以清楚辨别的，这个说法又与摩尼等人的理论产生差异。
简而言之，“基督有一个与我们本质相同的真实躯体、一个真实的理性灵魂，但除此之外还多出了完美的神性”。也因此，耶稣基督是统一的、三位一体的，但也可以是多重的。
在托马斯来看，人类存在的目标是要与上帝结合并且建立永恒的联结。更具体地说，这个目标可以透过“乐福直观”达成，乐福直观代表的是当人了解到上帝的本质，因而获得了完美、无止尽的幸福的境界。
托马斯指出这个最终的目标也与人在世时的作为有关。个人的意志必须被指挥朝向正确的方向，例如慈善、和平以及神圣，他认为这是达成幸福的途径。托马斯以幸福的观念作为他有关道德生活的理论轴心。
托马斯探究的不是事先不能知道结论的问题，相反，在他还没有开始思考之前，他就已经知道结论了，而且这些结论都是天主教在信仰里公之于众的真理。他希望能为这些信仰的某些部分找到一些合理的论证，如果找不到的话，他会向启示求助。然而，众所周知的是，给已经知道的结论寻找论据是诡辩，而非哲学。
◎神学大全（节选）
我如今可以回答，有五种证明可以说明上帝是存在的。
第一个最显而易见的证据，是从运动得来的。这个世界上的事物是运动着的，这是事实而且是被感觉经验证明了的。但凡有运动的事物，一定是被其他事物所推动的，如果不是被其他事物推动的，那么就没有事物能运动，而推动者有运动则是现实的。所说的运动，也就是运动着的某物由可能性到现实性，而一物之所以由运动的可能变为有运动的现实，那是必须有现实运动的某物不可。比如，现实存在的热热的火，它足可以使木头由可能的热成为现实的热，这就是把它推动和改变了……要说明的是，如果没有第一推动者，便没有第二推动者，也就是如果没有手动杖，那就没有杖能动。因此，我们必须有一个不为别物所动的第一主动者，那便是人们所知道的上帝。
第二个证明的方法是从一个有效原因的意义得来的。我们清楚，在一些可感知的事物中，是有相生相继的有效原因的。然而不见得每一事物都有它本身的有效原因，这是不可能的，因为，一物绝不可能先于它自己。同时，这些有效原因之间的连续也不可能为无限性，因为在这些连续中，第一原因是中间因的原因，而中间因又是终极因的原因，不论这中间因是很多个还是只有一个。所以，原因一旦消失，那它的结果必定消失。也就是说，在那些有效原因中假使不存在第一个原因，那也就没有终极因和中间因的存在了。不过，要是这些原因无尽无穷地向上推去，那也便没有所谓的第一原因了，即不能有终极因和中间因的存在。这很明显是不正确的。所以我们也就必须假设第一个有效原因是存在的。
第三种方法是从偶然性和必然性来证明的。世界上有一些事物，是可以存在也可以不存在的，因为它们始终没有规律可循，来去无常，时存时灭，所以可能有，也可能没有。那么，这样的事物，也就不可能永远地存在，至少在某一时间内不可能永远地存在，那可能不存在的事物绝没有存在。因此，如果一切事物都有不存在的时候，那么世界上一定有一段时间什么都没有。但假使这个说法是真的，那今天就什么事物都没有了，因为没有的事物开始就存在，除非有其他事物推动它存在。假使世界上从来不曾有事物存在过，事物就不可能从开始就存在，而现今就成了一个全然虚无的世界了……
第四种证明方法是从事物里发生的程度来考察的，即这些程度必须为或多或少的真、善、尊贵等。我们之所以对所有事物多寡有所比较，仅仅是因为它们对巨大无比者而显现出的参差不齐而已。如某一事物较热，那是因为相对于最高热者来说的。所以世界上必有什么一定是最真、最善、最尊贵的，乃至最伟大无比的存在……
第五种方法是从万能的受支配来证明。我们发现有些事物，比如自然物体，即使它们什么知识都没有，但也一直朝向一个目的。它们貌似总是这样运动，得以完成最大程度的良好，这样的事实显然表明它们达到其目的是因为有意的，而不是因为偶然的。然而凡是无知识的事物都不会向着一个目的去的，除非是依赖于有知识和有理解能力的主人。这好比发射出去的箭，必依赖于弓箭手一样。所以世间必存在一个睿智的主体，让万物趋向它们的目的，这主体便是我们通称的上帝。
异端的反抗
◎教皇制的衰落
哲学、神学、政治和社会的大结合完成于13世纪。这一结合涉及许多因素，首要的因素就是以毕达哥拉斯、亚里士多德、柏拉图和巴门尼德等人为主的希腊纯哲学。第二个因素是伴随着亚历山大征服战争大量涌入的东方信仰。当时，与新柏拉图主义中的希腊因素结合在一起的新事物，是刚刚传过来的观念与实践。结合新的情况，希腊人也发展了一些能够与东方观点结合的新观点。
1204年，信奉天主教的拉丁人征服了拜占庭帝国，并一直统治到了1261年。之后，教皇失去了君士坦丁堡，从此再也没能收复过。法兰西、英格兰等国崛起后，教皇虽然多次击败了神圣罗马帝国，但这并没有给教会带来好处。
在14世纪的大部分时期，教皇在政治上被法兰西国王玩弄于股掌之中。但与富商阶级崛起和俗众知识增多相比，政治上的失意就太微不足道了。因为有学问的俗众使意大利北部那些富有的城市具有了独立自主的精神，他们很容易对抗教皇的权威。而此时的教廷变得更世俗化了，教皇也逐渐丧失了原本是给予他的权力和威望。
14世纪初，教皇波尼法爵八世提出了一个前任所有教皇都未曾提出的要求：天主教徒只要在罗马举行一种仪式，就可以获得大赦。随着这项制度而来的是巨额的财富，当然，这些财富中的绝大部分都进了教廷的腰包。在巨大的利润推动下，原先100年才举行一次的大赦年仪式，先后缩短到每50年和25年就举行一次。一般而言，人们把第一次举行大赦年仪式的1300年视为教廷开始衰落的时间。
1305年，红衣主教选立戛斯坎尼人克雷芒五世做了教皇。克雷芒五世是在里昂接受的加冕礼，之后他并没有去意大利，而是于1309年定居在阿维尼翁，在此后大约七十年时间里，教皇们都住在阿维尼翁。
在教皇克雷芒六世统治时期，发生了一件罗马人民寻求脱离长期住在外地教皇统治的事件。克拉·底·李恩济是这次事件的主要领导人。最终的结果虽然克雷芒六世最终战胜了李恩济，但教皇们发现，只有重新返回罗马，教廷才能有效地保住在天主教会的首要地位。因此，乌尔班五世于1367年回到了罗马，但在临死之前，他还是被意大利复杂的政治局面逼回了阿维尼翁。
后来，果断的格列高利十一世再次重返罗马，并控制了罗马的局势。格列高利十一世死后，在罗马派的支持下，意大利人普里亚诺继任为教皇，称乌尔班六世。但乌尔班六世并没有得到部分红衣主教的承认，为此，反对者又在阿维尼翁选立了另一位教皇，他是亲法兰西的日内瓦人克雷芒七世。
于是，长达40年之久的教会大分裂就此出现了。
为了结束大分裂，1409年，在比萨召开了一次以荒唐、可笑的结局结束的全教会议。在会上，乌尔班六世和克雷芒七世这两位教皇同时被废黜了，罪名是异端和分裂。之后，红衣主教们又选立了教皇约翰二十三世。这个约翰二十三世是个臭名远扬的地痞恶棍，因此，情况看上去比之前更让人绝望了。
在1414年时，新的全教会议在康斯坦茨拉开了帷幕。富有成效的是，这次会议结束了分裂的局面。全教会议于1417年选出了教皇马丁五世，这次没有遭到任何一派的反对。
在这段漫长和混乱的时期，有人以生平事迹和学说证明了这是教廷权威的衰落期，这个人就是威克里夫。
◎财产是罪的结果
威克里夫，是一个在牛津享有盛名的俗世祭司，他生于伦敦附近的一个大庄园里，长大后曾入牛津大学求学，后来担任了该大学巴略勒学院院长，但是时间很短。学识渊博、名噪一时的他，在52岁时获得了牛津大学的神学博士学位。听他讲学的人极多，这在神学教授中是难能可贵的。尽管他不是一位思想进步的哲学家，但一般认为，他是牛津大学最后一位重要的经院哲学家。
在哲学上他反对“唯名论”，提倡“实名论”。与亚里士多德主义者相比，他更像是一个柏拉图主义者。他认为上帝从不恣意发布命令；由于上帝有选择最善的义务，因此现实世界是唯一可能的世界。
威克里夫在五十多岁的时候，还信奉正统教义，但他所信奉的教义却被统治者定为异端——他同情穷人，憎恨富有的世俗僧侣，因此他也成为了异端。他最初抨击教廷的理由，无非是一些政治和道德方面的，与教义无关，后来在被迫之下，他才有了更加广泛的反抗。
1376年，威克里夫在牛津大学作“论公民统治权”的讲义，就此脱离正统教义。当时，他提出，享有统治权与财产权的只有正义，俗界政权有权决定教士是否可以保留财产。之后，他进一步提出，财产是罪的结果，因此僧侣必须放弃财产。除了托钵僧，其他的所有教士都被他的主张激怒了。因此，威克里夫受到了格列高利十一世的谴责，还被押往由主教们组成的法庭接受审判。然而，支持他的英国人勇敢地保护了他，他所在的牛津大学也反对教皇对威克里夫的谴责。
后来，威克里夫在改教活动上进展神速，著作极多。他认为，上帝的代理人是世俗国家的统治者，主教要服从于他们。教会大分裂后，他把教皇定义为敌基督者和叛教者，认为只有《圣经》是教会的法律，全体信徒是教会的中心。为了攻击教会的腐败，他偏离了《圣经》，从1382年开始，他将“武加大拉丁文圣经译本”译成英文，所以，有人说旧约多出于希立伏的尼哥拉之手；新约多由威克里夫执笔。他的文笔生动流畅，对英国文学和灵性上的帮助都有很大的贡献。
他还写了一本书，批评教皇的权柄、神甫的罪恶、拜圣人、卖赎罪票等，并批评“化质论”，即所谓神甫自认有权将圣餐之酒与饼祝福以后，直接化为基督的血与身体。因此触怒了坎特布里大主教，他在伦敦召开会议，将威克里夫所讲的道理定为异端。为此，威克里夫不能继续在牛津讲学，而他所派出的贫穷神甫们也都被逮捕。不过因为有牛津大学和英国众议院的保护与支持，威克里夫并没有因为他的见解与民主活动遭到更多的迫害，至少在1384年去世之前，他都没有被正式判罪。
威克里夫的门徒虽多，但后来都遭到迫害。在英格兰追随他的罗拉德派因为遭到迫害而完全覆灭了，但波希米亚的情况却非常好，他的学说一直流传到了宗教改革时期。
15世纪时，不仅教廷衰落了，政治文化也发生了本质上的异教性质的变化，人们逐渐遗忘了历经数世纪之久的禁欲主义，也不会再对旧的恐怖产生惊慌和恐惧的感觉了，因为新的精神自由已经发展起来了。