孔子到了晚年知道之不行，遂潜心于授徒和整理古代文献。关于前者，相传他弟子三千，可谓规模宏大；关于后者，相传儒家经典差不多都经过他的整理：“笔则笔，削则削"，不仅使孔子赢得了极高的名声，而且确实有助于中国古典文献的保存和流传。既为后世儒家提供了丰富的智慧资源，也为文明中华的文化发展与繁荣作出了划时代的贡献。同时，正是由于这些传世的儒家经典曾经过孔子的整理与诠释，于是这些经典在后世中国便具有至尊的地位，于是有人认为：“曾经圣人手，议论安敢道"。孔子便成了圣人，儒家经典便成了中国传统社会的最高法典，儒士便成了中国知识分子的别称和追求目标。学人以名列儒林为荣，著述以敷赞圣旨为贵，派别繁杂，训解浩翰。 既然孔子的学术旨趣是“述而不作”，即对古典文献只是整理而不是创作，那么，在我们研究孔子与儒家经典之间的关系之前，便有必要对这些经典的主要来源作一简要的概述。
我们知道，儒家经典之所以称为“经"，那是孔子之后的事。但“经"字并不后出，至迟在周代铜器铭文中已经出现。《说文解字》说：“经，织从丝也。从系。”这应该是经的原初本意，引申发挥便有“经维"、“经营"等意思。《释名》说：“经，径也。如径路无所不通，可常用也。”这便是后来引申发挥出来的意思，显然也与儒经的地位早已提升有关。 至于书籍称经的起源，本有多种说法。章太炎在《国故论衡·文学总论》中认为：“书籍得名，实凭傅竹木而起"，如浮屠书以贝叶成书，以线连贯，故谓“经者，编丝缀属之称。”刘师培《经学教科书》第二课基于《说文》的解释，以为古人见经多文言，于是"假治丝之义而锡以六经之名。即群书之文言者，亦称之为经，以与鄙词示异。”而皮锡瑞在《经学历史》中则认为，六艺之所以称之经，全因经孔子删定：“其微言大义实可为万世之准则。”但章学诚在《文史通义·经解上》则强调，所谓经：“实因传而有经之名，犹之因子而立父之号矣。”显而易见，这些解释或囿于《说文》本意，或陷入后世儒家的偏见，并无助于说明“经”之来源。
事实上，以"经"作为儒家经典的称谓；至少在战国末年就已出现，且并不仅仅限于儒家典籍，如《墨经》。而将儒家经典称之为经，始见于《庄子·天运篇》：孔子谓老聃曰：“丘治《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》六经，自以为久矣，孰知其故矣；以奸者七十君，论先王之道而明周、召之迹，一君无所钩用。甚矣夫!人之难说也，道之难明也？”老子曰：“幸矣，子之不遇治世之君也!夫六经，先王之陈迹也，岂其所以迹哉！今子之所言，犹迹也。夫迹，履之所出，而迹岂履哉!"如果孔子与老子的这段对话可信的话，那么所谓儒家六经，就是先王之陈迹，是先王嘉言懿行之档案记录，故而这些记录使人只知其然，而不知其所以然，换言之，所谓经，并不出之于一人之手，孔子所治之六经，实际上都是先王们形成的档案文件。同时，由于这些文件无法道明所以然，于是又有后出的“释文"或“释义"，以便解释这些文件之所以然，这种解释之文即称为“传"。故传与经是相对而成立，此中情形盖与前引章学诚的说法相似。
这些先王文献被称为经，本来并没有什么神秘的意味。然而后世儒者出于派别斗争的特殊需要，却把这原本正常的称谓愈解释愈糊涂，愈解释愈神秘。具有东汉政治法典意义的《白虎通义》释经为常，即“常?quot;，认为因儒家经典蕴涵有永恒而不可变的真理。皮锡瑞在《经学历史》中也猜测，或当孔子删定六经之时，以其道可常行，正名为经。段玉裁在《说文解字注》中也说，织之从丝谓之经，必先有经而后有纬，是故三纲五常六艺谓之天地之常经。孔广森《戴氏遗书序》更说：“北方戎马，不能屏视月之儒；南国浮屠，不能改经天之义。”显然，此种种说法，都缺少一种真实的根据，而具有浓厚的神秘色彩，并不足以明了经之起源。
其实，如果从儒家经典的主要来源看，这些著作并不带有丝毫的神秘意味。我们知道，中国文明的起源相当早，文字的发明与使用也在孔子之前一个相当久远的年代。据《左传·昭公十二年》记载，王曰：“是良史也，子善视之!是能读《三坟》、《五典》、《八索》、《九丘》。”据历代学者的研究，这里的《三坟》，是伏羲、唐尧、虞舜之书；《八索》，是有关八卦的最早的书；《九丘》为九州土地、风气之书。至于这些书是否具有那么久远的历史，我们不必全信。但由此而得到的启示是，中国古代典籍的起源确实很早，而且有些确实流传到孔子的时代。因此从这个意义上说，孔子之时，中国文化虽然四周王室的衰微而面临着深刻的危机，但各种古典文献的存在既为一种客观的事实，也为孔子对古典文献的整理提供了条件与可能。《史记·孔子世家》说，孔子之时，周室微而礼乐废，《诗》、《书》缺焉。孔子追迹三代之礼，序《书传》，上纪唐尧之际，下至秦缨公，编次其事。由此可见，孔子对《书》的整理主要凭借当时所能征集到的古典政事文献。从今存《尚书》看，所谓《尧典》、《舜典》《大禹漠》、《皋陶漠》等等，我们固然不必将之视为真实的历史文献，但其成文则绝对在孔子之前。
我们知道，殷因于夏礼。殷人的制度基本上是从夏制演变而来。因此，夏人的情况我们虽然目前尚不清楚，但从已知殷人的状况大体可以推断。据甲骨文的研究成果可以知道，殷王室已有专职的史官，卜辞中的贞人就部分地充当着这种角色。他们的职责就是负责记录王室的各项活动，工作细则犹如《礼记·玉藻》所说，动则左史书之，言则右史书之。或如《汉书·艺文志》所说，左史记言，右史记事。但不管怎样，他们所记录下来的这些言与行，可能就是我们今天尚能看到的《尚书》，也是孔子当年所凭借的文献。
和《书》的情况略有相似的是《春秋》。孔子之前的《春秋》决不止我们目前所能见到的这么一种。真实的情况可能是，《春秋》是西周末年以来各诸侯国所形成的档案文件，在性能上与今存《尚书》相似，但在分工上可能因孔子的整理而与《尚书》各有侧重。故而我们看到，《尚书》以夏商周三代时间为序汇编文件，而《春秋》以鲁国的活动为主线记载各国交争与来往的情况。当然，此《春秋》业经孔子整理，并非原貌。孔子之前的《春秋》可能像孟子所说的那样：“王者之迹息而《诗》亡，《诗》亡然后《春秋》作。晋之《乘》，楚之《祷杌》，鲁之《春秋》，一也。其事则齐桓、晋文，其文则史。孔子曰：‘其义则丘窃取之矣’。”故而当时诸国类似于《春秋》的东西不应止今本《春秋》，而是差不多的诸侯国都有类似的东西，孔子称曾见过一百二十国《春秋》，墨子也夸口“吾见百国《春秋》。”如此等等，或许都是事实。
《书》、《春秋》之外再看《诗》。今存《诗经》是中国最早的一部诗歌总集，共三百零五篇，分风、雅、颂三类。其中有庙堂之诗、卿大夫之诗，也有民间诗歌。它们所反映的时代从西周初年到春秋中叶。但在孔子之前却不是这种状况。司马迁在《孔子世家》中说：“古者《诗》三千余篇，及至孔子，去其重，取可施于礼义，上采契、后稷，中述殷周之盛，至幽、厉之缺。始于衽席，故曰‘《关雌》之乱以为《风》始，《鹿鸣》为《小雅》始，《文王》为《大雅》始《清庙》为《颂》始'。三百零五篇孔子皆弦歌之，以求合《韶》、《武》、《雅》、《颂》之音。礼乐自此可得而述，以备王道，成六艺。”可知今本《诗经》是从先前大量的诗歌中整理而成。
《诗经》、《春秋》之外，为《礼》、《乐》、《易》。《礼》、《乐》的情况我们在谈到周公制礼作乐时已作过分析，孔子整理时所凭借的原本或许正是西周初年以来形成的那些东西。至于《易》，情况则相对复杂些。前已提及的《八索》似乎是《易》八卦之源头或雏形，起源似应很早，主要为占筮的功能。《汉书·艺文志》在谈到《易》的演变时说，《易》曰：“伏羲氏仰观象于天，俯观法于地，观鸟兽之文，与地之宜，近取诸身，远取诸物。于是始作八卦，以通神明之德，以类万物之情。”至于殷周之际，约在上位，逆天暴物，文王以诸侯顺命而行道，天人之占可得而效。于是重《易》六爻，作上下篇。孔氏为之《象》、《象》、《系辞》、《文言》、《序卦》之属十篇。故曰《易》道深矣。人更三圣，世历三古。这种说法虽然不必全为历史事实，但其大要确实反映了《易》在成书之前的主要演变。换言之，伏羲作八卦或许是古代先民的一种传说，或许就是远古以来相传的《八索》，但这种八卦或八索到了殷周之际确乎有了重大变化，其表征便是由文王演为六十四卦，并作卦辞和交辞。 文王作《周易》的说法由来已久。司马迁《报任安书》就以为"文王拘而演《周易》”，想必太史公不致于在如此重大的问题上毫无根据。《系辞》下也说：“《易》之兴也，其当殷之末世，周之盛德也?当文王与纣之事也？”虽为推测之辞，但基本与太史公的说法相似，以为《周易》基本成型于殷周之际。
当然，说《周易》基本成型于殷周之际，并不意味着否认在此后的岁月中没有增饰和修改。因为从《周易》本身的性质看，由于它主要的功能是占卦，故而当殷周之际由八卦演为六十四卦之后便不可能不经过更多人的实践与检验，于是我们看到在《周易》卦爻辞中所记载的那些故事，有的出于文王周公之后，这显然是后人为验证《周易》的功能而增加进去的。总之，在孔子之前，《周易》的基本结构已经具备，而且可能因实践的发展，还出现了许多对《周易》原理的解释，所有这些都是孔子整理《周易》时的基本素材。这一点便决定作为六经之首的《周易》实际上和其他五种典籍具有极为相似的地方。 当我们基本明了儒家经典的主要来源之后，我们便有可能进一步探讨孔子与六经的关系，并进一步明了孔子在儒学发展史上以及中华文明史上何以占据如此重要的地位。
孔子与六经的关系至为复杂。一来因为史阙有问，无足够的资料填补并重建这段历史；二是因为儒家学派内部的门户之争，使这一原本可以不必讨论而默认的问题更趋复杂化。西汉的经学家以及以后的今文学派差不多都认定儒家六经皆经孔子手定，有孔子然后有六经，孔子之前无所谓经。皮锡瑞在《经学历史》开头便说：“经学开辟时代，断自孔子删定六经为始。孔子以前，不得有经；犹之李耳既出，始著五千之言；释迦未生，不传七佛之论也。”在他以及那些今文经学家看来，孔子之所以删定六经，并不是要整理所谓古代文献，而是借助于学术的手段寄托高远的政治理想。皮氏写道：“读孔子所作之经，当知孔子作六经之旨。孔子有帝王之德而无帝王之位，晚年知道之不行，退而删定六经，以教万世。其微言大义实可为万世之准则。后之为人君者，必遵孔子之教，乃足以治一国；所谓‘循之则治，违之则乱。'后之为士大夫者，亦必遵孔子之教，乃足以治一身；所谓‘君子修之吉，小人悖之凶。'此万世之公言，非一人之私论也。孔子之教何在?即在所作六经之内。故孔子为万世师表，六经即万世教科书。”显而易见，今文学者的这些说法即便与孔子当时的内在心情相合，也不免立论过于偏激，极易招致反对者的诘难和批评。
东汉之后，古文经学者一般依据孔子的学术自述，即“述而不作，信而好古"，推断孔子只不过是把前代已有的史料加以系统整理以传之后人，以保存古代文化而已，因而孔子只不过是一个继往开来的史学家，他所整理的那些古代文献并无什么不可理喻的微言大义和理论建构。他们一般认为，儒家六经皆为周公旧典，如果一定要推定儒学开创者的话，那也只能是周公而非孔子。
确实，后世的所谓儒家六经并不是到了孔子之时才出现，而是先前已有的东西。问题在于，这些先前已有的各种文献是否经过孔子的整理了？如果回答是肯定的，那么孔子在整理时究竟做过怎样的工作?是否使之蕴涵深奥且难以理喻的微言大义，是否真的寄托着他老人家托古改制，以及为万世开太平的深意?
孔子据已有旧典整理为六经，原本是一个不必争议的说法。司马迁在《孔子世家》中已说得相当明白：“孔子之时，周室微而礼乐废，《诗》、《书》缺[孔子]追迹三代之礼，序《书传》，上纪唐虞之际，下至秦缪，编次其事。……故《书传》、《礼记》自孔子。孔子语鲁大师：‘乐其可知也。始作翕如，纵之纯如，白敫如，绎如也，以成。’‘吾自卫返鲁，然后乐正，《雅》、《颂》各得其所。'古者《诗》三千余篇，及至孔子，去其重，取其可施于礼义，上采契后稷，中述殷周之盛，止幽厉之缺。……三百五篇孔子皆弦歌之，以求合《韶》、《武》、《雅》、《颂》之音。礼乐自此可得而述，以备王道，成六艺。孔子晚而喜《易》、序《彖》、《系》、《象》、《说卦》、《文言》。读《易》，韦编三绝。曰：‘假我数年，若是，我于《易》则彬彬矣。’孔子以《诗》、《书》、《礼》、《乐》教，弟子盖三千焉，身通六艺者七十有二人。……子曰：‘弗乎弗乎!君子病没世而名不称焉。吾道不行矣，吾何以自见于后世哉？’乃因史记作《春秋》，上至隐公，下迄哀公十四年，十二公。据鲁，亲周，故殷，运之三代。约其文辞而指博。”如果司马迁的描述确有根据的话，那么，孔子与六经的关系便已相当明白，即《诗》、《书》、《礼》、《乐》基本是据旧典整理而成，《易》、《春秋》也是如此，只是更着意下了一番功夫而已。
然而到了近代，特别是随着疑古学派的倔起，开始有人对司马迁的记载表示怀疑，极端如钱玄同者甚至从根本上否认孔子与六经之间的关系。他于1923年在《答顾颉刚先生书》中认为：
1、孔子无删述或制作六经之事；
2、《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》，本是各不相干的五部书(《乐经》本无此书)；
3、把各不相干的五部书配成一部而名为六经的缘故，钱玄同以为是这样的，因为《论语》有子所雅言，诗、书、执礼；和“兴于诗、书、礼、乐教”(《史记·孔子世家》)之说，……又因孟子有孔子作《春秋》之说，于是把《春秋》配上；
4、六经的配成，当在战国之末；
5、自从六经之名成立，于是《荀子·儒效篇》、《商君书·农战篇》、《礼记·经解》、
《春秋繁露·玉杯篇》、《史记》(甚多)、《汉书·艺文志》、《白虎通义》等，每一道及，总是六者并举；而且还要瞎扯些什么五常、五行等等话头来比附。 对于钱氏的见解，周予同有相当中肯的批评。他在《六经与孔子的关系问题》一文中指出，钱氏从疑古派的怀疑精神出发，全盘否定了六经同孔子有关系的说法。他的见解，自然不好说全不对，比如关于《诗》、《书》性质的判断，就有道理。但总的看来，他的怀疑的立足点，却很成问题。就是说，钱氏对这个问题先存否定的意见，然后在古代文献中去寻找论证来替自己的观点张目，这就不免陷入主观主义。何况《论语》本身也还有学派和传本的问题要仔细解决，并不是字字句句都可信据。拿现行的《论语》来作为判断是非的标准，从而断定六经与孔子无涉，《荀子》、《史记》等书的记载都是瞎扯，岂非也有武断之嫌吗?所以，钱氏的主张，表面上同所谓五经悉为孔子所作的主张完全相反，其实都各执一偏，不足为据。
诚哉斯言。当我们没有足够的证据否认孔子与六经的关系时，如果仅仅出于主观目的的需要，即如钱氏所说“我以为不把六经与孔子分家，则孔教总不容易打倒”的话，那么，我们实际上在犯主观臆断的错误。孔子整理六经是秦汉学者比较一致的看法，至于他整理的程度如何、方法怎样，我们当然可以讨论，但我们不必从根本上怀疑孔子整理过六经这一事实。
这样说当然并不意味着我们同意今文学者的说法，以为孔子在整理六经之前或之时，即建立一种理论架构，即期望以六经的分工负责为万世开太平。真实的情况可能是，孔子在生命过程的不同阶段，或出于教学授徒的需要，或出于个人爱好（如对《周易》），确曾致力于古典文献的分类整理，删重去复，形成一定的定本。同时，由于当时的时代条件如尚无印刷技术和纸张，这些经孔子整理的定本也只是在孔门弟子中流传，并没有大范围的传播。
至于孔子在整理儒家经典特别是所谓六经时的指导思想，我们还是相信孔子的自述，即“述而不作，信而好古”。用今天的话说，就是尽量保持古代历史文献的面貌，一般轻易不作改正，更不会借题发挥，使之蕴涵己意。当然，孔子的这个原则也不是没有例外，比如《春秋》，可能因为当时存在《春秋》的不同版本或原始档案委实太多，故而孔子在《春秋》的加工整理上不仅投入很大的精力，而且实际上可能有违他所坚信的“述而不作”的原则，所以当《春秋》成书之后，孔子一再宣示：“后世知丘者以《春秋》，而罪丘者亦以《春秋》。”似乎表示对整理后的《春秋》并不是有足够的把握和自信。 《春秋》的整理只是孔子。‘述而不作”的著述原则的一个变例。同时，我们对“述而不作”的原则也不能作过分机械的理解。而且，这一原则似乎只是就古典文献的整理而言，并不是作为学者的孔子毕生所要遵守的学术原则。果如此，孔子除了整理加工过那些经典外，似乎毫无一字之著述。显然，这是不可能的。事实上，孔子是一个相当勤奋的人，他不仅到晚年读《易》韦编三绝，似乎在他毕生之读书生涯中还应该留下一些读书心得、笔记或眉批之类的东西。
因此我们相信孔子序《书传》、序《周易》，作《春秋》等等，即便不可能都是历史事实，但与事实也不可能相差太远。套用钱玄同的一句话说，以孔夫子他老人家的学问、才具和声望，如果他不给我们留下一些东西，可能吗?