《西游记》作为一部神魔小说，既不是直接地抒写现实的生活，又不类于史前的原始神话，在它神幻奇异的故事之中，诙谐滑稽的笔墨之外，蕴涵着某种深意和主旨。对此，历来的评论家作过种种探讨，大致从认为“幻中有理”，到强调“幻中有趣”、“幻中有实”，有一个曲折的历程。应该说，小说本身的确或多或少地存在着支撑某一倾向的依据。但就其最主要和最有特征性的精神来看，应该说还是在于“游戏中暗藏密谛”（李卓吾评本《西游记总批》），在神幻、诙谐之中蕴涵着哲理。这个哲理就是被明代个性思潮冲击、改造过了的心学。因而作家主观上想通过塑造孙悟空的艺术形象来宣扬“明心见性”，维护封建社会的正常秩序，但客观上倒是张扬了人的自我价值和对于人性美的追求。
《西游记》想通过孙悟空的形象来宣扬“三教合一”化了的心学是一清二楚的。心学的基本思想是“求放心”、“致良知”，即是使受外物迷惑而放纵不羁的心，回归到良知的自觉境界。小说特别选用了“心猿”这一典型的比喻躁动心灵的宗教用语来作为孙悟空的别称。一些回目和诗赞也非常直接和明白地表现了这一寓意，回目如“灵根育孕源流出，心性修持大道生”（第一回），“九九数完魔灭尽，三三行满道归根”（第九十九回）等不少就是用修心炼性的术语所构成的。在诗赞中，说美猴王道：“借卵化猴完大道，假他名姓配丹成，内观不识因无相，外合明知作有形”（第一回）；“猿猴道体配人心，心即猿猴意思深，……马猿合作心和意，紧缚牢拴莫外寻”（第七回）。这也清楚地表明了作者是把孙悟空当作人心的幻相来刻画的。再从全书内容的构架来看，大致由三个部分组成：一、孙悟空大闹天宫；二、被压于五行山下；三、西行取经成正果。这实际上隐喻了放心、定心、修心的全过程。这种喻意在小说中多有提示，如在前七回，孙悟空上天入地大闹乾坤，即在回目上说他是“心何足”、“意未宁”（第四回）；第七回被如来佛压在五行山下，就叫作“定心猿”；以后去西天取经，常称是“心猿归正”（第十四回）、“炼魔”（第五十一回）、“魔灭尽”与“道归根”（第九十九回）等。为了表现“心猿归正”的总体设计，作品还让孙悟空不时地向唐僧直接宣传“明心见性”的主张。例如，第二十四回唐僧问悟空何时可到西天雷音，悟空答道：“只要你见性志诚，念念回首处，即是灵山。”第八十五回，悟空还用乌巢禅师的《多心经》提醒唐僧道：“佛在灵山莫远求，灵山只在汝心头。人人有个灵山塔，好向灵山塔下修。”顿使唐僧明了：“千经万典，也只是修心。”正因为《西游记》在总体上是十分清楚地宣扬了与道家“修心炼性”、佛家“明心见性”相融合的心学，故难怪早期的批评家都认同《西游记》隐喻着“魔以心生，亦以心摄”的思想主旨，乃至到鲁迅在强调小说“出于游戏”的同时，也说：“如果我们一定要问他的大旨，则我觉得明人谢肇氵制说的‘《西游记》…。以猿为心之神，以猪为意之驰，其始之放纵，至死靡他，盖亦求放心之喻。’这几句话，已经很足以说尽了。”（《中国小说的历史的变迁》第五讲）
《西游记》的作者在改造和加工传统的大闹天宫和取经的故事时，纳入了时尚的心学的框架，但心学本身在发展中又有张扬个性和道德完善的不同倾向，这又和西游故事在长期流传过程中积淀的广大人民群众的意志相结合，就使《西游记》在具体的描绘中，实际上所表现的精神明显地突破、超越了这一预设的理性框架，并向着肯定自我价值和追求人性完美倾斜。具体而言，假如说前七回主观上想谴责“放心”之害，而在客观上倒是赞颂了自由和个性的话，那么以第七回“定心”为转机，以后取经“修心”的过程，就是反复说明了师徒四人在不断扫除外部邪恶的同时完成了人性的升华，孙悟空最终成了一个有个性、有理想、有能力的人性美的象征。
孙悟空出世不久，在花果山就不想“受老天之气”，“独自为王”，“享乐天真”。从表面上看来，他“不伏麒麟辖，不伏凤凰管，又不伏人间王位所拘束，自由自在”，但当他想到暗中还有个“阎王老子管着”，就觉得浑身不自在，“忽然忧恼，堕下泪来”。于是他想方设法，打到阴司，将生死簿上的猴属名字一概勾掉，向十殿阎王宣告：“今番不伏你管了！”作者在具体描写美猴王的这种不受任何管束、追求自由自在的所作所为时，并没有直接说明这就是“放心”行径的形象注脚，甚至也没有在字里行间流露出多少贬意，故留给读者的印象只是他能为追求自由而敢作敢为，像明代叶昼评悟空在阴司的除名之举时就赞道：“爽利，的是妙人！”后来他大闹天宫，原由是：“玉帝轻贤”，“这般渺视老孙！”第一次请他上天，只安排他做一个未入流的“弼马温”，他深感到自己这个“天生圣人”的价值没有得到应有的承认，个人的尊严受到了侮辱：“老孙有无穷的本事，为何教我替他养马？”“活活的羞杀人！”于是打出南天门而去。第二次请他上天，虽然依着他给了个“齐天大圣”的空衔，却是“有官无禄”，并未从根本上得到尊重，于是他“先偷桃，后偷酒，搅乱了蟠桃大会，又窃了老君仙丹”，反出天门。他说“强者为尊该让我，英雄只此敢争先”，甚至说出了“皇帝轮流做，明年到我家”，都是顺着强调自我的思路而发出的比较鲜明和极端的声音。这种希望凭借个人的能力去自由地实现自我价值的强烈愿望，正是明代个性思潮涌动、人生价值观念转向的生动反映。然而，作者并不赞成孙悟空“只为心高图罔极，不分上下乱规箴”，不希望否定整个宗法等级制度，当孙悟空“欺天罔上”，叫嚷“将天宫让与我”时，作者就让如来佛易如反掌地将他压在五行山下。这形象地反映了封建的等级社会还是不可动摇，维护这个社会的思想也是根深蒂固的。不论你叫嚷“强者为尊”，还是追求“自由自在”，都只能在适度的范围内进行。总之，从孙悟空出世到大闹天宫，作品通过刻画一个恣意“放心”的“大圣”，有限度而不自觉地赞颂了一种与明代文化思潮相合拍的追求个性和自由的精神。
小说的主要篇幅是描写孙悟空从唐僧师徒经八十一难，去西天取经。这八十一难有不少是模式相同的，前后很难找到某种内在的逻辑联系，因而给人以一种循环往复的感觉。这些周而复始、形形色色的险阻与妖魔，都是用来作为修心过程中障碍的象征。小说第十七回曾予以点明：“菩萨、妖精，总是一念。”换言之，妖魔实即生于一念之差。所谓“心生，种种魔生；心灭，种种魔灭”。小说描写了八十一难的磨炼，无非是隐喻着明心见性必须经过一个长期艰苦的“渐悟”过程。但是，当作者在具体描绘孙悟空等人历尽艰险，横扫群魔的所作所为时，往往使这“意在笔先”的框架“淡出”，而使一个个有血有肉的艺术形象凸现。在这些形象中，孙悟空尤为鲜明地饱含着作者的理想和时代的精神。
孙悟空在取经过程中，仍然保持着鲜明的桀骛不驯的个性特点。这正如在第二十三回中猪八戒对他的评价：“我晓得你的尊性高傲。”他不愿处于“为奴”的地位（第七十一回），从不轻易地对人下拜，“就是见了玉皇大帝、太上老君，我也只是唱个喏便罢了”（第十五回）。至于一般的神灵更是不放在眼里，稍不称意，就要“伸过孤拐来，各打五棍见面，与老孙散散心”！（同上）作为一个皈依教门的和尚，却还把闯地府、闹天宫当作光荣的历史屡加夸耀；对于那个专用来“拘系”、“收管”他，不让他“逍遥自由耍子”的紧箍儿，则一直念念不忘能“脱下来，打得粉碎，切莫叫那甚么菩萨，再去捉弄他人”（第一百回）。这都表现了取经路上的孙悟空还是那样的反对束缚、尊重自我和向往自由，具有一种强烈的个性精神。但是，这时的孙悟空毕竟不同于先前的齐天大圣，他已肩负着协助唐僧去西天取得真经的崇高使命。取经，本是一种事业，但实际上已成了他所坚韧不拔地追求的一种理想的象征。为了实现这一理想，他翻山越岭，擒魔捉怪，吃尽千辛万苦，排除重重困难，从不考虑个人私利，一心以事业为重，即使在被人误解，遭到不公正的待遇，甚至被唐僧念着紧箍咒、赶回花果山时，还是“身回水帘洞，心逐取经僧”（第三十回）。这种为理想而献身的精神，也就成了取经路上孙悟空的一个明显的性格特征。当然，孙悟空等在经历八十一难的具体过程中，是作为一个解除魔难的英雄出现在读者面前的。在他眼里，没有越不过的险阻，没有镇不住的妖魔，凭着他的顽强拼搏，都能化险为夷，逢凶变吉。在战斗中，他又能随机应变，善于斗智，一会儿变作小虫出入内外，一会儿又化成妖精的母亲或丈夫等去迷惑他们，常常在真真假假、虚虚实实之中，弄得敌人晕头转向，防不胜防。孙悟空的这种大智大勇的英雄精神，与其为实现理想而奋斗到底的献身精神和强烈的个性精神相结合，呈现出了独特的光彩。随着他历经八十一难，扫除众魔，自己也由魔变成了佛，这也就自然地使他的品格更显出完美性和普遍性。而事实上，他的那种英雄风采，正是明代中后期人们所普遍追求的一种人性美。孙悟空就成了有个性、有理想、有能力的人性美的象征。《西游记》就在游戏之中呼唤着孙悟空这样的英雄。
当然，《西游记》作为一部累积型的长篇小说，其整体内涵是十分丰富的。它有总体性的寓意，也有局部性的象征。天才的作家又往往随机将一些小故事像珍珠似的镶嵌在整个体系中，让它们各自独立地散发出折射现实的光芒。比如第十回写唐太宗至阴司时，带了魏徵的一封信递给判官，希望能讲“交情”，“方便一二”，这严然如人间的“说分上”；第二十九回写宝象国王问群臣谁去救百花公主回国时，“连问数声，更无一人敢答”，这批“木雕成的武将，泥塑就的文官”，就真如李贽批评的当朝庸臣“只解打恭作揖，终日匡坐，同于泥塑”，“一旦有警，则面面相觑，绝无人色，甚至互相推诿”（《焚书》卷四《因记往事》）；第九十三回写猪八戒狼吞虎咽，沙僧告诫他要“斯文”时，八戒叫起来道：“斯文！斯文！肚里空空！”沙僧笑道“天下多少‘斯文’，若论起肚子来，正替你我一般哩”，这也是对当时一班只知做时文八股的秀才的有力嘲笑。诸如此类的点缀，看似信笔写来，却能机锋百出，醒目警世。这也就使人们进一步加深了这样的印象：《西游记》这部“幻妄无当”的神魔小说确实与明代中后期的现实世界有着千丝万缕的联系。