宋明学术空疏，清人崇尚实学。一般以为，顾炎武首开清代实学之端，他振臂一呼，“凡文之不关于六经之旨、当世之务者，一切不为”（《亭林文集·与人书三》），对后来学人影响甚大。阮元则以为毛奇龄“首出于东林、蕺山空文讲学之余，以经学自任，大声疾呼，而一时之实学顿起”（《揅经室集·毛西河检讨全集后序》），因而推毛奇龄为清代实学的开山。
实际上，阮元的实学思想，当包括两个层面的含义：一是质实、实事之学（即“学”的层面），一是实践、实行之学（即“行”的层面）。当然，这两方面表面相对独立，实则相互联系，相辅而行。而阮元所称毛奇龄的“实学”，不是指的“经世之学”（“行”的层面），而是指相对于宋明学术空疏的质实、实事之学（“学”的层面），也就是上面提到的阮元“实学”含义的第一个层面。乾嘉诸儒得此一端，推于极致，遂衍为清代朴学（或考据学）大盛之局面。
顾炎武的学术特点是将“经世”与“学术”紧密结合。阮元曾就时人称颂顾炎武经世之学作过这样的评价：“世之推亭林者，以为经济胜于经史……然则徒以经济赞颂者，非笃论也。夫经世之务，必由于学……其《与友人论学书》云：‘……士而不先言耻，则为无本之人；非好古多闻，则为空虚之学。’以此观之，先生之经济，皆学术为之。”（刘师培《刘申叔遗书·跋阮芸台京师慈善寺西新立顾亭林先生祠堂记》）可见，“行”必以“学”为基础，没有“学”的“行”不实，没有“行”的“学”必空。阮元可谓实得顾炎武治学之宗旨，他在经学研究中，既致力于“质实”“实事”之学，又努力倡导将其付诸实践、实行。
阮元治学“求实”“求是”的精神，或承继于戴震者为多。他说“余之说经，推明古训，实事求是而已，非敢立异也”（《揅经室集·自序》），更多的是反映出皖派的治学特点。但阮元的致用之学，则可能承继于顾炎武者为多。顾炎武治学主张“明道”“救世”。阮元曾称赞顾炎武“精力过人，志趣远大”，其《肇域志》“密行细书，无一笔率略”，凡是谨守科条、章句而不讲经世之学者，“皆未足与此也”（《揅经室集·顾亭林先生肇域志序》）。可见，他是受到顾炎武学风影响的。
阮元虽生于朴学大盛之世，深得乾嘉诸儒为学“务实”之旨，但他早在35岁时就看出“近人考证经史小学之书则愈精，发明圣贤言行之书甚少”的“流派之偏”，因而在学术研究中努力倡导“求实”与“致用”相结合的宗旨。
阮元认为，经学自汉以后，由于受到释、道二氏的影响，已经走向了虚玄之境，晋、宋、明儒多空言说经，缺乏文献依据。他力倡以“实”说经、以“事”说经，恢复先秦原儒经典古义。如他在考释“性”字古义之后说：“余讲学，不敢似学案立宗旨，惟知言‘性’则溯始《召诰》之‘节性’，迄于《孟子》之‘性善’，不立空谈、不生异说而已。‘性’字之造于周、召之前，从‘心’则包仁、义、礼、智等在内，从‘生’则包味、臭、声、色等在内。是故周、召之时，解‘性’字者朴实不乱，何也？字如此实造，事亦如此实讲。”（《揅经室集·节性斋主人小像跋》）又如，他在《释心》篇中说：“汉刘熙《释名》曰：‘心，纤也。言纤微无物不贯也。’此训最合本义。盖纤细而锐者皆可名曰心，但言心，而其纤锐、纤细之意见矣。”接着，他列举大量文献材料，论证“心”为“纤细而锐之物”义，把虚玄的“心”亦还以“物”、还以“实”。此外，阮元还通过释“仁”、释“一贯”、释“格物”等，充分阐述他的“实学”观。正如他在《孟子论仁论》中所说，“实”就是“实事”，古圣贤讲论学术，没有空言，字字实在，孔子所说“吾道一以贯之”中的“贯”字，就是“行之于实事”之意，这里的“实”字最为显重，但历代儒者往往忽略了它（见《揅经室集·孟子论仁论》）。
阮元一生讲求实学，后世学者称他说经“质实明白，足以砭老、佛之失，拯陆、王之弊，信乎其为古训也”（王棻《柔桥文钞·读阮文达性命古训》）。道光六年（1826年），他由两广总督调任云贵总督，在答刘彬华、李黼平诸书院山长暨学海堂学博生徒送别诗中有句云：“讲学是非宜实事，读书愚智在虚心。”并郑重告诫其子阮福说，这两句是实学、空学的关键，最为紧要，不讲求实学的人，胸中总是填满先入之见，而不虚心求其是非，这是非常愚蠢的（见张鉴、黄爱平《阮元年谱》道光六年条）。因而，他在经学研究中，以训诂的方式还经典以原儒本义，努力以“事”释经、以“实”说经，一方面具有批判晋、唐以来儒者空言说经、倡导“实事求是”学风的学术意义，另一方面还具有将古圣贤治世之意推及日用的实践意义，将“求实”与“致用”有机结合起来。
阮元一生自30岁任山东学政起，除在嘉庆十三年（1808年）因刘凤诰科场舞弊案而被短暂革职外，均一直官居高位。作为清廷要员、封疆大吏，他时时刻刻都关注学术与治道的关系。在日常的经学研究中，他努力将经典中蕴含的古圣贤精言要义挖掘出来，推于世用。他的“稽古”之学，就是为其政事服务的，故其言曰：“未有不精于稽古而能精于政事者也。”（《揅经室集·汉读考周礼六卷序》）又说：“学与仕合，济于世用。”（《揅经室集·循吏汪辉祖传》）
基于此，阮元的经学研究具有浓厚的实用色彩。如他的《性命古训》对“性命”的论述，目的在于倡导“礼治”，并且极力强调礼学的践履意义。再如，他在《释顺》一文中说，《孝经》推孝悌以治天下，就在一“顺”字。先王以至德要道顺天下，所以人民和睦，上下无怨。在《春秋》三传及《国语》中，论及“顺”字之处甚多，均体现的是孔子《孝经》之义。圣人治理天下，并无特别法术，就是顺天下人情而行之。所以，“‘顺’字为圣经最要之字，曷可不标而论之也”（《揅经室集·释顺》）。他还认为，像“孝”一类的“悌”“忠”“信”等，“皆圣贤极中极庸极实之道，亦即天下古今极大极难之道”（《揅经室集·论语一贯说》），充分肯定“孝”在社会治理中的作用。他说：“不孝则不仁，不仁则犯上作乱，无父无君，天下乱，兆民危矣。”（《揅经室集·孝经解》）而“孝”的根本在“忠恕”，“忠恕”又是自天子至于庶人的“实行”“实政”。“孝”的实行具体体现在“养亲”，“孝子之实，养亲是也”（《揅经室集·孟子论仁论》）。这就把经书中的“孝道”落实到日常生活的“养亲”上，使人人可以身体力行之。
阮元上述以阐发经学若干重要命题之旨趣为依归的文章，多写成于道光之世。这一时期，由于社会形势的变化，他的内心蕴藏了较同时代大多数士人更为沉重、切实的忧时济世之感，诸如“一江花月换边愁，顿觉苍茫满客舟”（《揅经室集·春夜江上闻角联句》）、“武林逢岁暮，风雨正凄然”（《揅经室集·武林岁暮》）、“所以海上寇，吾忧在瓯甬”（《揅经室集·守冻》）等充满忧患与济世情怀的诗句在《揅经室诗集》中时时可见。因而，阮元力图以学术为经世之务，同时这种学术之道又进一步强化了他承担历史、社会责任与使命的自觉意识。
龚自珍评阮元学术：“道之本末，毕赅乎经籍；言之然否，但视其躬行。”（张鉴、黄爱平《阮元年谱·阮尚书年谱第一序》）故阮元不仅在经、史、文诸多学术方面成就辉煌，而且在察吏、抚民、武师、治赋、治漕等事功方面成绩显赫。他曾作诗说“古人之砚古之式，用以揅经发守墨。凡事求是必以实，如石坚重效于国”（《揅经室集·宋砚铭》），可见其拳拳“经世”之心。