明朝后期，政治日益腐败，思想控制愈来愈加强，特别是到严嵩当政，宦官魏忠贤专权，特务遍地，牢房私设，不许自由讲学。所以从嘉靖、万历以后，连续四次禁毁书院，政治对书院的干预达到了顶峰。
第一次是嘉靖十六年（1537年），御史游居敬上疏斥责南京吏部尚书湛若水“倡其邪学，广收无赖，私创书院”，请求皇帝“戒谕以正人心”。嘉靖一方面慰留湛若水，一方面则令所司毁其书院。于是年四月下令罢各处私创书院。这次禁毁的矛头，只在湛若水创办的书院，其他各地书院仍照常活动。
第二次是嘉靖十七年（1538年），吏部尚书许讚，以官学不修，多建书院“聚生徒，供亿科扰”，耗财扰民为借口，上奏嘉靖。嘉靖“即命内外严加禁约，毁其书院”，“申毁天下书院”。当时严嵩柄权，这次毁书院，实为宰相严嵩的意旨。但这次处理的大多是官办的书院，其他书院后来照常建立，如混元、云兴两书院即建于嘉靖十七年之后。
这两次禁毁书院是由于当时在朝执政的人，有许多是反对王阳明、湛若水的学者，他们对于王、湛的广建书院，聚徒讲学，妄加罪名，实是为了在政治上和学术上进行压制。以“官学不修，别立书院”，“动费万金，供亿科扰”为借口，禁毁所有书院。但书院在当时的影响很大，声望很高，禁是禁不住的。《野获编》上说：“虽世宗力禁，而终不能止。”不仅如此，官方越禁，民间越办，所以明代书院，不仅以嘉靖年间为最多，而且相当一部分是嘉靖十六年、十七年之后兴办的。
第三次禁毁书院是在万历七年（1579年）张居正执政时。张居正当国时，极力控制思想，对书院讲学特别厌恶。史载：“张居正最憎讲学，言之切齿。”他说：“圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问。何必又别标门户，聚党空谭。今后各提学官，督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用。不许别创书院，群聚徒党，及号召他方游食无行之徒，空谈废业。”他写信给宪长周友山，指责当时书院讲学为“作伪之乱学”，“讲学者全是假好学”。张居正本是徐阶的弟子，但张最不喜其师的聚众讲学。因有一批官吏假托立书院讲学依附徐阶，实际是借此以把持郡邑。万历七年，常州知府施观民搜刮民财，私创书院，张居正便借题发挥，一面将施坐罪革职，另一面即以皇帝名义诏毁天下书院，自应天府以下凡64处尽改公廨。这是明代毁废书院最严厉的一次。但许多书院仍以各种方式得以保存。如安福县复古书院，易名“三贤祠”，贵溪县象山书院易名“象山祠”得以保存等。张居正禁毁书院的真正原因是害怕书院讲学“徒侣众盛，异趋为事”，“摇撼朝廷，爽乱名实”。至于说因为施观民搜刮民财而禁毁书院，显然是为掩盖真相而寻找的一种借口。
张居正禁毁书院比嘉靖年间禁毁书院的规模更大，措施也更加严厉。然而，书院讲学制度已深入人心，所以，虽禁犹存。当时确曾被毁的书院有成都大益书院等十六所；有些书院是名毁实存，仍以各种方式保存下来。说明当时不少人实不愿毁书院，但迫于张居正的政治压力，只好采取“阳奉阴违”的策略，设法保存书院。如长沙惜阴书院、瑞州筠阳书院、江西贵溪象山书院等。还有的书院，则根本未毁，如饶阳近圣书院等。张居正于万历十年（1582年）死去，万历十一年（1583年）就复建了仁文书院，其他书院也陆续兴建。所以，万历年间虽有张居正禁毁天下书院之举，但万历年间的书院数目反而不少，在整个明代仅次于嘉靖年间，居第二位，而且名毁实存的书院多在江西。江西自南宋经元至明都是书院最盛的地区，虽在禁令，仍设法坚持复办，足见当时书院讲学影响之深，一道禁令是不可能禁毁尽的。
明代第四次禁毁书院，就是天启五年（1625年）的魏忠贤禁毁东林书院，进而殃及其他书院。张居正毁书院，是痛恨讲学的浮夸习气，同时还想统一教育机构，不要又有学校，又有书院，是有一定的政治见解的，只是手段不当则已。而魏阉党人的禁毁书院，完全出于报复，无一是处。
东林书院位于无锡城东南，原为南宋学者杨时讲学之所，元代时废止。万历三十二年（1604年），顾宪成、高攀龙重修书院，讲学其中，讽议时政，裁量人物，深为朝中当道者所忌。天启年间（1621—1627年），宦官魏忠贤专权，政治极度腐败，东林学派主张“除民贼”，直斥阉党集团，令他们恼羞成怒。当时东林书院在社会上影响极大，以致天下书院，只知东林。魏忠贤等遂疑所有书院都与东林同党，于是在天启五年（1625年）便下令“刊党籍，尽毁天下书院”而且手段狠毒，牵连罗织，屡兴大狱，害死许多人，名臣左光斗、杨涟等都在被害之列，东林领袖高攀龙不愿辱身于贼手，亦从容自尽。
阉党毁书院至不许存留片瓦寸椽，残酷到了极点。东林书院几乎全部被拆毁。八月，拆毁依庸堂。依庸堂由三间硬山顶构成，是讲学建筑中最有代表性的主要建筑，位于丽泽堂后，燕居庙之前，在讲学建筑石牌坊至燕居庙的南北中轴线上，居于全书院建筑群中央。此堂是东林学派领地象征。当时官绅宿儒人等，凡至东林，都要先瞻仰参谒依庸堂，以为“斯文在兹”，“脚迹得入依庸堂，人生一大幸”。依庸堂被拆之际，高攀龙正被削籍回无锡家居。他家住无锡老城区南门以内之水阙巷，离东门东林书院较近。他原系朝中正二品的都察院左都御史，曾担负着国家监察举劾重任。在魏忠贤下令拆毁东林书院时，他向无锡地方官员通融说情，终使东林书院除依庸堂外其余大部分建筑得以保存。依庸堂拆去后，气氛比较荒凉。但燕居庙、藏书楼、祭器室、丽泽堂、东西长廊、学舍、月河（泮池）、石牌坊、道南祠建筑尚存。书院的整体环境面貌依然，尚现出特有的古朴景象。到了天启六年（1626年）四月，魏忠贤再次下令全部拆除东林书院，无锡知县吴大朴接到巡按徐吉及常州府牌后，与本县管粮县丞并带领匠作员役及本地耆年之民谈来泰等人，到东林书院现场，实地监督执行。差役当场坐提易价，仓卒变卖。天启六年五月初，整个东林书院被强行全部拆毁。书院田土房屋等项作价变卖后所折合得到的全部银两一共折银六百三十一两二钱，只相当于当初修复东林书院时的一半。只有道南祠因系用官资建造，属地方祭祀先贤建筑，才没有被拆除。东林书院被夷为一片瓦砾，连院内甬道、桥梁以及沿河古木均砍伐殆尽，其地成为残破不堪的一处废墟。人们在描述当时东林被毁的荒凉情景说：“碣断碑横”，“如逢兵燹倏成灰”。而拆毁东林书院的变价银两全部被“解苏州府，协助祠工”，被用作建造魏忠贤生祠的经费了。